Shion sta conducendo i test finali su KOS-MOS a bordo della Woglinde quando l'equipaggio recupera uno Zohar Emulator, uno dei tredici duplicati dello Zohar. Cherenkov monitora i progressi di Shion, ma è anche una spia U-TIC che avanza il loro obiettivo di trovare l'originale Zohar. A seguito del recupero dello Zohar Emulator, la Woglinde viene attaccata dai Gnosis. KOS-MOS si auto-attiva e protegge la squadra di Shion, uccidendo nel processo Virgil con fuoco amico per salvare Shion e Allen. KOS-MOS li porta a bordo dell'Elsa, che si dirige verso la destinazione di Second Miltia. Quando un Gnosis attacca, la capacità di Chaos di disperderli salva la vita di Cherenkov. L'attacco inizia a mutare Cherenkov, tormentandolo con visioni del suo passato da soldato che non riuscì ad adattarsi alla vita civile e che uccise molte persone, inclusa la sua moglie. Durante questi periodi, Shion diventa preoccupata per il comportamento di KOS-MOS, e Allen teme per lo stato emotivo di Shion. Parallelamente a questi eventi, il cyborg Ziggy viene inviato a salvare il Realian MOMO dall'U-TIC, poiché i dati memorizzati in lei potrebbero aprire la via al pianeta originale Miltia, perduto in una catastrofe per la quale si ritiene responsabile il suo creatore Joachim Mizrahi. Ziggy salva MOMO e sfugge di poco, respingendo gli attacchi di Margulis. Albedo, che lavora con U-TIC per i propri obiettivi, parte all'inseguimento di MOMO.