La storia di Xenosaga III inizia un anno dopo la fine di Xenosaga II. Shion si è dimessa da Vector Industries dopo aver appreso che l'azienda è profondamente collegata all'apparizione dei Gnosis. Si unisce invece a Scientia, un'organizzazione clandestina che lavora per svelare i segreti di Vector al fine di abbatterli. Scopri la verità e salva l'umanità nel finale della serie Xenosaga, che vanta oltre 3 ore di filmati, un sistema di combattimento aggiornato e una funzione di personalizzazione migliorata con una specializzazione dei personaggi più approfondita e una maggiore diversificazione e ricompense più elevate per una gestione strategica del gruppo. Questo RPG include anche una funzione di database facilmente accessibile, la "Xeno Bible", e un mini-gioco con oltre 50 livelli che mette alla prova te e i tuoi amici.