Il gioco è liberamente basato sulle Guerre delle Rose, una serie di conflitti combattuti tra la Casa di Lancaster e la Casa di York per il controllo dell'Inghilterra nel XV secolo. Yugi Mutou veste i panni di Henry Tudor, il capo della Casa dei Tudor, mentre Seto Kaiba interpreta Christian Rosenkreuz, il capo della forza della fazione yorkista. Altri personaggi della serie assumono i ruoli e i nomi di coloro che hanno partecipato al conflitto. Il giocatore controlla lo 'Rose Duelist', che viene evocato da un periodo temporale sconosciuto nel 1485 da un druido Lancastriano per aiutarli a sconfiggere gli Yorkisti e reclamare il trono. Entrambe le parti hanno otto 'carte rose' con abilità incantate. I Lancastriani vogliono le carte rosa bianche degli Yorkisti perché le forze di Seto stanno usando il loro potere per creare una barriera che protegge il loro territorio, e gli Yorkisti vogliono le carte rosa rosse dei Lancastriani perché Seto ha bisogno di tutte e 16 le carte rosa per tentare una proibita evocazione delle rose che darebbe agli Yorkisti un grande potere. Il Rose Duelist richiede inoltre tutte le 16 carte per evocare abbastanza potere da tornare al proprio periodo temporale, costringendo il giocatore a scegliere una parte. Se i Lancastriani si schierano con loro, il Rose Duelist ottiene le carte rosa bianche sconfiggendo le forze yorkiste, che sono rappresentate dagli antagonisti Maximillion Pegasus, Weevil Underwood e Rex Raptor. Il Rose Duelist alla fine sconfigge Seto per la carta rosa finale al Stonehenge, ma la vittoria è effimera poiché Seto rivela che il potere liberato dal loro duello (insieme a tutte le carte rosa portate sul luogo dal Rose Duelist) ha soddisfatto i requisiti per la grande evocazione, e che aveva finto l'alleanza con gli Yorkisti per costringere i Lancastriani a evocare il Rose Duelist in primo luogo. Seto poi evoca Manawyddan fab Llyr, una potente figura mitologica nota come il guardiano delle carte, che intende usare per instaurare il suo dominio sull'Inghilterra. Il Rose Duelist sconfigge Manawyddan fab Llyr e lo scaccia dal periodo temporale, garantendo la vittoria Lancastriana. Secondo l'epilogo, Yugi fu incoronato re d'Inghilterra, ma non è noto se il Rose Duelist sia mai stato riportato nel periodo da cui è stato evocato. Se gli Yorkisti si schierano dalla loro parte, il Rose Duelist affronterà i protagonisti della serie Yu-Gi-Oh!, come Joey Wheeler, Téa Gardner e Mutou. Dopo aver raccolto tutte le carte rose, Seto richiama Manawyddan fab Llyr ancora una volta al Stonehenge. Questa volta, tuttavia, Manawyddan rivela di essere il fratello di Nitemare da Yu-Gi-Oh! Forbidden Memories, e è furioso che abbiano evocato suo fratello in Egitto solo per imprigionarlo di nuovo. Per porre fine all'evocazione, il Rose Duelist deve sconfiggere Manawyddan fab Llyr. Dopo il duello, Seto informa il Rose Duelist di essere alla ricerca di un vero guardiano delle carte da molto tempo perché un suo avo concluse un patto con uno di loro (ancora facendo riferimento a Forbidden Memories). Seto abbandona il Rose Duelist con il suo pendente a rosa bianca, e le sue forze fuggono dall'Inghilterra, permettendo ai Lancastriani di prendere il controllo del trono.