Alla fine del XXII secolo, gli esseri umani hanno colonizzato Marte e hanno anche stabilito alcune colonie nell'orbita di Jupiter. Giganti robot noti come Laborious Extra-Orbital Vehicles (L.E.V.) li hanno aiutati a raggiungere questo nobile obiettivo. Tuttavia, col passare del tempo, gli abitanti della Terra hanno iniziato a trattare i colonisti dello spazio, che chiamavano "Enders", con sospetto, sottoponendoli a leggi dure e severe ripercussioni. In seguito, alcuni dei coloni fondarono organizzazioni ribelli, armate di mecha particolarmente potenti chiamate Orbital Frames. Un giovane colono di Jupiter, Leo Stenbuck, entra in contatto inaspettatamente con un Orbital Frame chiamato Jehuty. Una terribile potenza è nelle sue mani: la userà per il bene o per il male?