Dopo che il Joker ha assaltato Gotham City Hall, viene catturato da Batman e portato ad Arkham Asylum, che temporaneamente ospita molti membri della banda del Joker, trasferiti dopo un incendio alla Blackgate Prison. Credendo che il Joker si sia lasciato catturare, Batman lo accompagna all'Arkham Asylum. Il piano del Joker viene rivelato mentre Harley Quinn prende il controllo della sicurezza e il Joker scappa all'interno della struttura, agevolato da una guardia corrotta che rapisce Commissioner Gordon. Il Joker minaccia di far detonare bombe nascoste in giro per Gotham City se qualcuno tenta di entrare ad Arkham, costringendo Batman a lavorare da solo. Seguendo Quinn fino alla struttura medica per salvare Gordon, Batman è esposto al veleno della paura di Scarecrow e ha allucinazioni, vedendo la morte di Gordon e i cadaveri dei suoi genitori che gli parlano. Dopo aver respinto Scarecrow, Batman trova e mette a tacere Quinn prima di salvare Gordon. Il Joker dirige quindi Batman verso il Bane catturato, che è stato sottoposto a esperimenti dal medico di Arkham Asylum Penelope Young. Il Joker libera Bane e Batman è costretto a combatterlo, durante il combattimento Quinn scappa. Successivamente, si reca in una segreta installazione della Batcave che aveva nascosto sull'isola, dove Batman riapprovvigiona i suoi gadget.