Prologo Un detenuto di New Arkham City e un potente signore della guerra in ascesa, Two-Face elabora un piano per giustiziare pubblicamente la compagna di cella Catwoman dopo che lei cercherà di recuperare parte dei suoi guadagni illeciti dal suo covo. Nel frattempo, Gotham City stessa si è trasformata in uno stato di polizia gestito dal sindaco Sharp, dove i cittadini con la minima traccia di un passato criminale si ritrovano spediti nel distretto penitenziario. Coloro che osano sfidare le politiche di Sharp sono bersaglio di scomparse orchestrate, diventando prigionieri politici intrappolati dietro le mura di Arkham. Tra questi c'è Bruce Wayne, che tiene un comizio per criticare la proposta di trasformare metà della sua città in una riserva recintata per persone incline al crimine. Separato dalla società, egli sostiene che essi siano diventati responsabili della propria sopravvivenza in un inferno urbano anarchico, caratterizzato da sanguinose guerre tra bande. Benvenuti ad Arkham City Wayne, come ultimo bersaglio della vendetta di Sharp, viene rapito da agenti della TYGER Security che lavorano per Hugo Strange, che è al corrente della sua doppia identità di Batman. Strange intende svelare nuovi piani per Arkham City prima che la notte finisca, in un’operazione chiamata Protocollo 10, che lo proclamerà sovrano supremo di Gotham. Ora rinchiuso, il Cavaliere Oscuro riesce a far consegnare direttamente a lui l’attrezzatura per combattere i crimini da Alfred Pennyworth tramite una consegna aerea, e si prepara a salvare Catwoman da Two-Face per il bene della loro relazione passata mentre scopre la vera natura del Protocollo 10.