Nonostante personaggi, temi e armi simili al cinema samurai ambientato nel Giappone feudale, Bushido Blade si svolge nell'era moderna (ciò è evidente, ad esempio, quando il giocatore raggiunge una fase in una piazzola di atterraggio per elicotteri situata in una grande città). Un dojo fittizio di 500 anni situato in questa regione, noto come Meikyokan, insegna le discipline del maestro Narukagami Shinto. Una società di assassini nota come Kage ("Ombra") risiede anche all'interno del dojo. Un tempo guidato dall'onorevole spadaccino Utsusemi, egli perse la sua posizione a favore di Hanzaki, un altro abile membro del dojo, in un feroce duello. Hanzaki guadagnò rispetto come leader dei Kage, finché non scoprì una spada maledetta nota come Yugiri. Cominciò a cambiare, trascurando l'onore del gruppo e le tradizioni custodite dai suoi studenti. Un giorno, un membro dei Kage evade i confini del dojo con i suoi segreti. Altri membri della società, sotto pena di morte, vengono inviati a eliminare il disertore, riuscendo a raggiungerlo solo nelle rovine del Castello Labirinto Yin e Yang che lo circondano. Nella modalità giocatore singolo, i giocatori assumono il ruolo dell'assassino fuggito (indipendente dal personaggio che scelgono), lottando per farsi strada uccidendo i propri compagni uno dopo l'altro. Elementi della storia del gioco differiscono a seconda del personaggio selezionato.