Il gioco inizia quando Hiroki Katayama (il protagonista del gioco) arriva in una città sottomarina e non appena il suo aereo arriva all'aeroporto incontra lo spirito di una donna misteriosa. Dopo di ciò incontra Yumi Asakura per la prima volta. Qualche tempo dopo incontra suo zio, e quest'ultimo lo porta nel suo appartamento. Da quel giorno la sua vita cambierà per sempre. Quando arriva nell'appartamento di suo zio, di notte incontra una strana creatura che lo accompagnerà per tutto il gioco e gli dice che il mondo è in pericolo di collasso e che deve aiutarlo a salvarlo. Quella creatura gli mostra l'altro mondo e, pochi minuti dopo, quando tornano nel mondo umano, alcune strane creature lo attaccano e la piccola creatura gli conferisce il potere di distruggerle. Il giorno successivo incontra di nuovo Yumi Asakura e va con lei al liceo, e l'avventura inizierà per loro.