La città di Cocoon è un'utopia volante, sospesa in alto tra i cieli, separata dal mondo sottostante noto come Pulse. Fu creata con l'intento di proteggere gli esseri umani dai fal'Cie, esseri misteriosi che vivono nel Pulse. Ma di tanto in tanto, i fal'Cie trovano modi per contattare gli abitanti di Cocool, trasformandoli in "l'Cie" - percepiti dagli umani come schiavi dei fal'Cie, destinati a eseguire i loro ordini. Il governo di Cocoon, Sanctum, utilizza il proprio esercito specializzato noto come PSICOM per "Purga" i cittadini sospettati di diventare l'Cie, e li bandisce da Cocoon. Un ex soldato di Cocoon di nome Lightning cerca sua sorella Serah, che è stata marchiata come l'Cie. Il suo fidanzato Snow, leader di un gruppo ribelle che si oppone alla Purga, incontra Lightning e alcuni altri compagni mentre si avventurano in una dimora dei fal'Cie per salvare Serah. Tuttavia, avendo compiuto la sua missione sconosciuta affidata dal fal'Cie, Serah si trasforma in cristallo. Le sue ultime parole a Lightning e Snow sono "Salva Cocoon". Determinati a scoprire cosa esattamente volesse il fal'Cie da Serah, gli eroi cercano di contattare un fal'Cie, e di conseguenza diventano essi stessi l'Cie - senza sapere quale potrebbe essere la loro missione...