La storia si svolge 12 anni dopo Front Mission 1st. Ambientata a giugno 2102, la storia del gioco si svolge ad Alordesh (odierno Bangladesh), uno stato membro della Oceania Cooperative Union (OCU). La formazione della OCU nei primi anni del XXI secolo portò a una rapida industrializzazione dei paesi in via di sviluppo come il Bangladesh. Durante il 1° Conflitto Huffman nel 2070, la crescita economica del Bangladesh fiorisce insieme all'OCU grazie a molte fabbriche belliche presenti nel paese. Tuttavia, l'ondata di crescita economica inizia a rallentare nel 2080, con la perdita di investimenti esteri e il ritiro di diverse imprese. Quattro anni dopo, la OCU offre di fornire al Bangladesh un aiuto estero, a condizione che entri nell'Unione. L'economia del Bangladesh risorge brevemente durante il 2° Conflitto Huffman. I sentimenti anti-OCU crebbero dopo la guerra e nel 2094, il Bangladesh si rinomina come la "Repubblica Popolare di Alordesh". Quattro anni dopo, le Forze Armate Alordeshi inscenano un colpo di stato. Sebbene il colpo di stato fallisca, esso aumenta ulteriormente il sostegno anti-OCU e porta a un secondo colpo di stato nel 2102. La trama di Front Mission 2 ruota attorno a tre individui dell'OCU - il caporale Ash Faruk, il capitano Thomas Norland e l'ufficiale di intelligence Lisa Stanley. Il 12 giugno 2102, le Forze Armate Alordeshi rovesciano il governo pro-OCU e successivamente dichiarano l'indipendenza dall'OCU. Grazie a un piano sapientemente orchestrato, le truppe Alordeshi travolgono le guarnigioni locali dell'OCU nelle loro basi militari nel paese. Nel mezzo del caos, Ash Faruk e i membri dell'unità Muddy Otters cercano di fuggire dal paese. Lungo il cammino, incontrano alcuni sopravvissuti dell'OCU guidati da Thomas Norland dell'unità Dull Stags. Norland guida i sopravvissuti verso la tenuta di Saribash Labra, l'amministratore delegato di Burg Transportation. Saribash si offre di aiutarli a fuggire lungo la riva, l'unica parte dell'Alordesh non controllata dalle forze del colpo di stato. Mentre i sopravvissuti si dirigono verso la riva, un reggimento dell'OCU sbarca nel paese. Incaricata di liberare i prigionieri di guerra, Stanley guida una piccola unità per indagare sui movimenti delle forze del colpo di stato. Intercettando un elicottero di trasporto, apprende dell'esistenza di un centro di detenzione in cui sono trattenuti i prigionieri di guerra dell'OCU. Stanley riesce a liberare i detenuti e inizia a preparare un'operazione per salvare i funzionari del governo Alordeshi a Dhaka. Una grande battaglia esplode nella città. L'operazione ha successo con l'aiuto di Norland e dei suoi subordinati, che hanno deciso di rimanere nel paese e combattere le forze del colpo di stato. Nel frattempo, a bordo dell'ammiraglia dell'OCU Monto, Faruk è confrontato da un ufficiale dell'Unità Centrale di Intelligence dell'OCU. Lui acconsente riluttantemente a tornare nel paese quando l'ufficiale, Pike Reischauer, rivela che alcuni dei suoi colleghi dei Muddy Otters sono ancora vivi. Al loro ritorno in Alordesh, vengono inseguiti dal leader del colpo di stato Ven Mackarge. Un legame tra la caccia di Mackarge a loro, i tentativi di liberazione dell'OCU e il coinvolgimento di Burg Transportation nella guerra si forma infine quando viene rivelato che le forze del colpo di stato stanno ricevendo sostegno da una terza parte sconosciuta e sono in possesso di un dispositivo dal nome in codice 'FENRIR'.