Ambientato a metà dei dieci anni di servitù di Kratos agli dei, Chains of Olympus inizia con Kratos inviato nella città di Attica per aiutarla a difendersi dall'esercito persiano invasore. Poco dopo il suo arrivo, lo Spartano nota un basilisco che si arrampica sui muri della città e dà inizio alla caccia. Durante la caccia, Kratos affronta il re persiano all'interno della città e lo uccide. Prendendo il potere del re per evocare l'Efreet, incontra poi il basilisco e lo uccide. Dopo aver sconfitto il basilisco, assiste al sole che cala dal cielo, trascinando il mondo nell'oscurità. Seguendo l'ultimo debole chiarore all'orizzonte, Kratos si fa strada attraverso la città di Marathon, incontrando lungo il cammino la nebbia nera di Morpheus, che ora copre la terra nell'oscurità.