Kingdom Hearts II inizia da dove finiscono Kingdom Hearts: Chain of Memories e Kingdom Hearts 358/2 Days. Sora e i suoi compagni sono stati addormentati per circa un anno, recuperando i loro ricordi. Quando Sora si sveglia, arriva finalmente in Twilight Town, il luogo dove viveva un misterioso ragazzo, Roxas, prima di partire improvvisamente. Acquisendo nuovi vestiti e poteri, Sora inizia di nuovo il proprio viaggio, inconsapevole degli eventi che si sono verificati in Chain of Memories. Sora prosegue la sua ricerca sbloccando sentieri verso nuovi mondi, apprendendo dei Nobodies e combattendo gli Heartless, nonché affrontando i restanti membri della misteriosa Organization XIII. Man mano che il gioco progredisce, Sora apprende su Roxas e su quanto hanno in comune. La storia inizia con il giocatore che controlla Roxas in Twilight Town. Roxas sogna le avventure di Sora, mentre attività sempre più misteriose iniziano a verificarsi a Twilight Town durante le vacanze estive di Roxas. Dopo aver ottenuto la Keyblade per difendersi dai Nobodies, Roxas entra in contatto con un giovane uomo in nero di nome Axel. Axel sembra conoscere Roxas, anche se Roxas non ricorda nulla di lui. Roxas alla fine si fa strada in una magione abbandonata dove una ragazza di nome Naminé gli informa che è un Nobody, sebbene all’epoca non sapesse bene cosa fosse un Nobody.