L'autunno si avvicina a Twilight Town, e Roxas desidera solo che gli ultimi giorni delle sue vacanze estive siano i migliori. Invece, il ragazzo guarda il mondo che conosce sfaldarsi, mentre mostri curiosi e uomini avvolti nel nero macchiano i suoi giorni pieni di divertimento. Quando capisce la verità, non c'è scampo: la sua vacanza estiva deve finire. A prendere il posto di Roxas è Sora. Lui, Donald e Goofy si risvegliano dal loro sonno e si preparano per il viaggio che li aspetta. Devono affrontare Organization XIII, proteggere il potere della Keyblade e riprendere la loro ricerca delle persone speciali che hanno perso. La battaglia finale contro l'Organization sta per svolgersi...