Klonoa: Door to Phantomile è un gioco platform a scorrimento laterale visto da una prospettiva '2.5D'. Il giocatore muove il protagonista, Klonoa, lungo un percorso in due dimensioni, ma il gioco è reso in tre dimensioni. Questo permette al percorso seguito di curvarsi e al giocatore di interagire con oggetti al di fuori del percorso.