I giocatori proseguono il viaggio di Sackboy dopo gli eventi del primo gioco e della versione portatile, giunti al termine. Un aspirapolvere interdimensionale chiamato Negativitron appare sui cieli di LittleBigPlanet e inizia a succhiare i suoi abitanti, incluso Sackboy. Larry Da Vinci (Robbie Stevens), il leader di un gruppo semi-segreto semi-organizzato noto come "The Alliance", accorre in soccorso di Sackboy, salvandolo dal Negativitron (Jeremy Mayne). L'organizzazione è dedicata a combattere il Negativitron e a sconfiggerlo prima che distrugga Craftworld (altro nome per l'ambiente di gioco). Dopo che Sackboy supera i test nel Hideout di Larry, gli dice che devono raggiungere il Laboratorio di Victoria Von Bathysphere (Judy Sweeney), poiché lei ha costruito un esercito di Sackbot per The Alliance.