Il gioco si svolge immediatamente dopo gli eventi di LittleBigPlanet 2. La Modalità Storia vede Sackboy gareggiare contro The Hoard, che stanno pianificando di rubare i premi del Craftverse per "nessuna ragione se non quella di accumularli". I giocatori iniziano la Modalità Storia saltando in una carrozza che era stata schiantata da un membro di The Hoard, e partono all'inseguimento per recuperare i premi rubati. Sackboy corre attraverso molti luoghi saccheggiati da The Hoard. I Sackbots lo assistono nella sua missione. L'avventura inizia con la Regina che chiede a Sackboy di liberare The Hoard da LittleBigPlanet. Successivamente, Sackboy viaggia verso un pianeta tropicale simile a una spiaggia chiamato Monster Islands, dove un abitante di nome Ray the Turtle chiede aiuto per localizzare il leggendario Huge Monster. Quando la trovano, scoprono che The Hoard hanno rubato il suo uovo, quindi Sackboy deve riportarlo. The Hoard tentano anche di rubare "brainergy" e pasticcini dalla Victoria's Laboratory (ora un pianeta separato).