Metal Gear Solid 2: Due anni dopo gli eventi dell'incidente di Shadow Moses, Solid Snake e Otacon, che lavorano come Philanthropy, ricevono informazioni su un nuovo tipo di Metal Gear che viene trasportato lungo il Hudson River. Mentre Snake sale sulla petroliere, questa viene sequestrata da un gruppo di mercenari russi guidati da Revolver Ocelot, intenzionati a rubare il nuovo Metal Gear. Altri due anni dopo, la Big Shell, l'impianto offshore di bonifica costruito al suo posto, viene conquistata da una fazione terroristica che si definisce i Sons of Liberty. Il nuovo agente FOXHOUND Raiden viene inviato per neutralizzare la minaccia. Tuttavia, non è tutto come sembra. Metal Gear Solid 3: Nel 1964, l'agente della CIA Naked Snake viene inviato in Tselinoyarsk, URSS. Aiutato dal Major Zero, da Para-Medic e dal suo ex mentore The Boss, Snake ha il compito di salvare lo scienziato sovietico Sokolov, che sta disertando e sta segretamente sviluppando un carroarmato equipaggiato con testate nucleari, lo Shagohod. Snake localizza e scorta Sokolov, ma si imbatte in The Boss, che annuncia di disertare per l'URSS, e fornisce al suo nuovo benefattore, il Colonnello Volgin, due testate nucleari Davy Crockett. Sokolov viene catturato dall'Unità Cobra, e Snake viene gettato giù da un ponte da The Boss. Volgin ruba lo Shagohod e detona una delle testate nucleari per coprire il furto, che viene successivamente attribuito a The Boss. L'infortunato Snake viene recuperato tramite l'estrazione Fulton. Metal Gear Solid - Peace Walker: Peace Walker inizia il 4 novembre 1974. Big Boss gestisce la propria unità di mercenari in Colombia dopo aver lasciato gli Stati Uniti in seguito alla formazione di FOXHOUND alla fine di Portable Ops. Un misterioso gruppo paramilitare, dotato di una sorprendente quantità di armi di alta qualità, chiamato i "Peace Sentinels", è stato dispiegato in Costa Rica. Nonostante i Sentinels siano equipaggiati con una potenza di fuoco equivalente a quella di un esercito di terra, il governo costaricano non può fare nulla a riguardo perché la costituzione del paese non consente la creazione di un esercito ufficiale. La presenza dei Sentinels rischia di compromettere l'equilibrio di potere tra Est e Ovest.