Quattro anni dopo gli eventi dell'incidente di San Hieronymo, Big Boss—che preferisce il suo codename originale, Snake—e Kaz Miller hanno fondato Militaires Sans Frontières, una piccola fazione mercenaria sulla costa colombiana. Vengono avvicinati da Ramon Galvez Mena, professore presso University of Peace, e dal suo studente Paz Ortega Andrade. Galvez tenta di ingaggiare MSF per indagare su un esercito che ha occupato discretamente parti della Costa Rica. Snake rifiuta, identificando Galvez come agente KGB, ma è convinto quando Paz fa ascoltare una registrazione di The Boss. Quando Snake arriva in Costa Rica, i suoi sospetti si rafforzano nel momento in cui assiste Hot Coldman, alto agente della CIA, annuncia le sue intenzioni di far detonare un ordigno nucleare attivo come parte di un progetto denominato "Peace Walker", un carroarmato nucleare difettoso e letale. Snake si rivela a Huey Emmerich, uno dei progettisti di Peace Walker, che accetta di aiutarlo a fermare Coldman.