Come nel resto della serie, Pirate Warriors segue le avventure di Monkey D. Luffy, un giovane ragazzo che, per sbaglio, mangia il Gum-Gum Fruit e organizza una ciurma di pirati variegata chiamata i Straw Hats per cercare il tesoro omonimo. Nel suo viaggio, Luffy fa molti nuovi amici e combatte una vasta varietà di nemici.