Un anno dopo aver sconfitto l'Imperatore Tachyon e aver assistito all'rapimento di Clank da parte degli Zoni alla fine di Tools of Destruction, Ratchet e il suo partner Talwyn Apogee apprendono dall'IRIS Supercomputer che il Capitano Angstrom Darkwater, un leggendario pirata dello spazio, è l'unica persona in grado di contattare gli Zoni. Viaggiando verso il suo pianeta natale Merdegraw, nel Settore Drogol, i due si intrufolano su una flotta di pirati sopra il Mare Azoreo, ma vengono presto scoperti e catturati da Sprocket, il primo ufficiale di Darkwater, che rivela che Darkwater è morto da anni. Pochi istanti prima che i due venissero giustiziati, Rusty Pete è arrivato travestito da Capitano Romulus Slag (che Ratchet aveva sconfitto in Tools of Destruction) e ha ordinato loro di essere abbandonati sull'Isola Hoolefar. Dopo aver avuto una breve visione di Clank circondato da un'energia luminosa, Ratchet si ricongiunge con Talwyn e incontra il leader locale, il sindaco Barnabas Worley. Lui invia Ratchet a ripristinare l'alimentazione dell'isola riavviando diverse turbine eoliche, e poi lo dirige verso l'operatore radio della città, che chiede a Ratchet di acquistare un Versabolt dallo Smuggler affinché possa effettuare le riparazioni necessarie. Come ricompensa per l'aiuto fornito, Worley rivela l'esistenza dell'Obsidian Eye, un potente telescopio lorentziano costruito da Darkwater per mantenere un legame con la dimensione natale degli Zoni. Sfortunatamente, la fonte di energia dell'Obsidian Eye, un artefatto noto come Fulcrum Star, era stata nascosta da Darkwater poco prima che venisse ucciso in una rivolta organizzata da Slag.