Dopo essere fuggito dall'intrigo politico dietro la battaglia di Sekigahara, Miyamoto Musashi, il più forte spadaccino del Giappone, rinunciò alla sua spada e alla sua identità e si nascose dietro la facciata di Kiryuu Kazumanosuke, un sicario che gestiva un locale chiamato Tatsuya a Kyoto, nel quartiere di Gion. Gion è un quartiere di intrattenimento dove i ricchi e potenti comprano favori sessuali ai poveri e indifesi. Un giorno una ragazza, Haruka, venne da Kiryuu con la richiesta di lavoro «per favore uccidi Miyamoto Musashi per me» e, su sua richiesta, Kiryuu partì per trovare il suo impostore e rivelare i segreti dietro la battaglia di Sekigahara. Dalla battaglia di Sekigahara, dal Gion a Funajima, colmando il divario tra il leggendario spadaccino Miyamoto Musashi e l'attuale sicario Kiryuu, il gioco trascina i giocatori in una trama epica piena di azione, rivalità, desiderio sessuale e intrighi politici.