La storia segue Alex Shepherd, un giovane che torna nella sua città natale, Shepherd's Glen, dopo un presunto congedo militare e un periodo trascorso in ospedale per ferite da combattimento. Alex torna a casa solo per scoprire che suo padre e il fratellino Joshua sono scomparsi senza lasciare tracce, così come molti altri in tutta la città. Trova sua madre in uno stato depressivo, quasi catatonico. Alex cerca in città il fratello scomparso, mentre scopre le cause dietro i strani eventi e gli oscuri segreti della vicina città di Silent Hill.