Sly Cooper stava godendo della sua relazione con l'ispettore Carmelita Fox, una relazione che erano riusciti ad iniziare fingendo amnesia, quando Bentley apparve. Bentley spiegò a Sly che le pagine del Thievius Raccoonus stavano scomparendo e che Penelope era anche improvvisamente scomparsa nello stesso momento. Bentley voleva riformare la Cooper Gang affinché potessero fermare chiunque stesse alterando la storia. Sly incontrò presto Bentley e Murray nel loro vecchio nascondiglio, dove Bentley li presentò al Time Machine. Con questo dispositivo integrato nel Cooper Van, la banda sarebbe stata in grado di viaggiare indietro nel tempo e sistemare il passato. La loro prima tappa fu il Giappone feudale, ma poiché Time Machine richiedeva un oggetto di quell'epoca, avrebbero dovuto compiere una rapina per ottenere l'oggetto in questione. Il loro bersaglio era un museo situato nei dintorni, di proprietà di un magnate dell'arte apparentemente rispettabile, un museo su cui Sly aveva già tenuto d'occhio.