In una versione passata di Green Hill, Classic Sonic sta correndo finché non sente un rumore. All'improvviso, l'enigmatica entità nota come Time Eater appare nel cielo e lo schermo diventa bianco. Nel presente, Sonic festeggia il suo compleanno con i suoi amici finché Time Eater interrompe la festa, risucchiando tutti attraverso diversi 'buchi temporali' e dispersandoli in vari punti del passato di Sonic. Sonic cerca di fermare il mostro, ma viene facilmente sopraffatto dal suo potere. Dopo essersi ripreso, Sonic si ritrova in una strana dimensione nota come White Space, un regno in cui tempo e spazio finiscono dopo essere stati 'cancellati' del loro colore e della loro vita. Sonic salva il suo migliore amico Miles 'Tails' Prower e, mentre cercano i loro amici, incontrano versioni di se stessi provenienti dal passato, indicate come i loro 'Classic'. Mentre i due Tails determinano che le azioni di Time Eater stanno danneggiando il tempo e lo spazio stesso, motivo per cui è bianco e privo di vita, sia 'Classic' Sonic che 'Modern' Sonic corrono attraverso la loro storia, ripristinando il tempo alla normalità e salvando i loro amici. Si rendono inoltre conto che i punti deboli di Time Eater sono i Chaos Emeralds.