In una versione passata di Green Hill, Classic Sonic sta correndo finché non sente un rumore. All’improvviso, l’enigmatico essere noto come Time Eater appare nel cielo e la schermata diventa bianca. Nel presente, Sonic celebra il suo compleanno con i suoi amici finché Time Eater interrompe la festa, risucchiando tutti attraverso vari "buchi temporali" e sparpagliandoli in diversi punti del passato di Sonic. Sonic cerca di fermare il mostro, ma viene facilmente sopraffatto dal suo potere. Dopo essersi ripreso, Sonic si ritrova in una strana dimensione nota come White Space, un regno dove tempo e spazio finiscono dopo essere stati privati del colore e della vita. Sonic salva il suo migliore amico Miles "Tails" Prower e, mentre cercano i loro amici, incontrano versioni di se stessi provenienti dal passato, indicate come i loro "Classic". Poiché i due Tails determinano che le azioni del Time Eater danneggiano il tempo e lo spazio stesso, sia Sonic "Classic" sia Sonic "Modern" corrono attraverso la loro storia, riportando il tempo alla normalità e salvando i loro amici. Si rendono inoltre conto che la debolezza del Time Eater è rappresentata dagli Chaos Emeralds.