Il gioco si svolge un anno dopo Tales of Xillia. Elle Mel Marta riceve istruzioni specifiche da suo padre per salire a bordo di un treno e trovare la Terra di Canaan. Il suo treno viene dirottato prima della partenza e Ludger Will Kresnik sale a bordo per salvarla. Il treno si schianta e i due ricevono cure salvavita da Clanspia Inc., che mette Ludger in debito. Clanspia Inc. assolda Ludger, con l'intento di usare i suoi poteri Kresnik per distruggere linee temporali alternative perché lo spirito Origin non può più sostenere l'abbondanza di anime nei mondi. Mentre lavora per saldare il debito, Ludger cerca anche suo fratello, Julius Will Kresnik, che è stato accusato del dirottamento del treno.