Nell'aprile 2004, il presidente della Georgia viene assassinato, permettendo al miliardario georgiano Kombayn Nikoladze di prendere il potere con un colpo di stato senza spargimenti di sangue. Nell'agosto 2004, l'ex ufficiale della Marina degli Stati Uniti SEAL e veterano della Guerra del Golfo, Sam Fisher, viene reclutato dalla National Security Agency per lavorare all'interno della sua neonata divisione, "Third Echelon". Lavorando con il suo vecchio amico Irving Lambert, Fisher viene presentato all'esperto tecnico Anna "Grim" Grimsdóttír e all'operatore sul campo Vernon Wilkes Jr.