Il cacciatore di tesori Nathan "Nate" Drake (Nolan North), accompagnato dalla giornalista Elena Fisher (Emily Rose), recupera la bara del suo autoproclamato avo Sir Francis Drake, avendone localizzata la posizione grazie alle coordinate incise su un cimelio di famiglia: un anello che Nate porta al collo. La bara contiene il diario di Sir Francis Drake, che indica la posizione di El Dorado. I pirati attaccano e distruggono la barca di Nate, ma l’amico e mentore di Nate Victor "Sully" Sullivan (Richard McGonagle) li salva nel suo idrovolante. Teme che il reportage di Elena attiri potenziali rivali, Nate e Sully la abbandonano a un molo. Seguendo il diario fino al punto indicato, Nate e Sully scoprono una nicchia che una volta ospitava una grande statua, e si rendono conto che El Dorado non è una città ma un idolo dorato. Trovano un sottomarino nazista, che contiene una pagina del diario di Drake che mostra che la statua fu portata su un'isola. Tuttavia, mercenari guidati dal criminale Gabriel Roman (Simon Templeman) e dal suo luogotenente Atoq Navarro (Robin Atkin Downes) intercettano Nate e Sully. Sully sembra essere stato ucciso da un colpo al torace, ma Nate riesce a scappare, incontra Elena e vola con lei verso l'isola. Durante il tragitto, il fuoco antiaereo costringe Elena e Nate a lanciarsi e si separano. Dopo aver recuperato le provviste dall'idrovolante distrutto, Nate si dirige verso un vecchio forte per trovare Elena. Brevemente catturata dai pirati guidati dal vecchio socio Eddy Raja (James Sie), Elena libera Nate e fuggono verso la vecchia dogana dell'isola. Dopo aver trovato documenti che mostrano che la statua è stata spostata più nell'entroterra, scoprono che Sully è vivo e accompagna Roman e Raja. Nate ed Elena trovano e salvano Sully che, avendo sopravvissuto grazie al diario di Drake che ha bloccato il proiettile, spiega che stava guadagnando tempo per Nate fornendo a Roman informazioni fuorvianti.