Dead Souls è una storia secondaria non canonica ambientata nell'aprile 2011, un anno dopo gli eventi di Yakuza 4. Un improvviso focolaio di zombi si diffonde per Kamurocho e viene lentamente messo in quarantena mentre la Japan Ground Self-Defense Force viene chiamata per contenere l'infezione. In seguito all'epidemia, quattro uomini cercano di aiutare la gente di Kamurocho e di trovare la fonte della malattia: Shun Akiyama, un usuraio che cerca di salvare la sua segretaria Hana; Goro Majima, un temuto yakuza e capo delle costruzioni che cerca di respingere la propria infezione; Ryuji Goda, che è sopravvissuto alle ferite alla fine di Yakuza 2 ed è al lavoro come cuoco di takoyaki; e Kazuma Kiryu, un custode di un orfanotrofio ed ex yakuza costretto a tornare a Kamurocho quando la sua figlia adottiva Haruka viene rapita. Il gioco è diviso in quattro parti, ciascuna incentrata su un particolare personaggio.