Zone of the Enders: Il gioco è ambientato nell'anno 2172; l'umanità ha colonizzato le lune della Terra, di Marte e di Giove. Una forza militare nota come BAHRAM invia la sua unità offensiva principale per attaccare Antilia, una colonia di Giove, nel tentativo di assicurarsi due avanzate macchine note come Orbital Frames. Uno dei pochi sopravvissuti della colonia, un giovane di nome Leo Stenbuck, assiste al crollo di un Laborious Extra-Orbital Vehicle (LEV) che uccide i suoi amici. Fugge in un hangar, dove trova un Orbital Frame di nome Jehuty. Usando questa tuta e la sua intelligenza incorporata, A.D.A, respinge le forze BAHRAM guidate dall'ufficiale Viola, che cercano di reclamare Jehuty su ordini del loro leader, Nohman. Leo viene poi contattato da Elena Weinberg, la comandante del vascello di trasporto civile Atlantis; appartiene alle forze militari terrestri, la United Nations Space Force. Poiché il pilota originale di Jehuty è morto durante l'attacco, Elena chiede a Leo di aiutarla a riportare Jehuty a loro così da poterlo portare su Marte. Leo, tuttavia, si rifiuta di uccidere i nemici. Zone of the Enders: 2nd Runner: Il gioco è ambientato nell'anno 2174, due anni dopo gli eventi di Zone of the Enders. Segue Dingo Egret, un minatore che lavora su Callisto. Inavvertitamente scopre l'Orbital Frame Jehuty, nascosto. Quando viene attaccato dalle forze BAHRAM che sono venute per prenderlo, Dingo si arrampica su Jehuty e affronta gli aggressori, tra cui una pilota di Orbital Frame di nome Ken Marinaris.[6] Durante la battaglia, Dingo entra a bordo della nave da battaglia BAHRAM, apparentemente sconfiggendo Nephtis, un Orbital Frame controllato da un programma AI basato sullo stile di combattimento di Viola, ma è domato da Anubis, la controparte superiore di Jehuty controllata dal Col. Ridley "Nohman" Hardiman, leader di BAHRAM. Nohman chiede a Dingo di unirsi a lui di nuovo. Quando Dingo rifiuta poiché i suoi compagni sono stati sacrificati da Nohman anni fa, Nohman gli spara e lo lascia morire.