Durante il gioco, assumi il ruolo di manager di una compagnia di trasporti. L'obiettivo è costruire e mantenere reti di trasporto urbano ed espandere la metropoli. Pertanto, il giocatore installa fermate, costruisce ferrovie, costruisce strade e altro ancora. Il gioco offre due nuove modalità di gioco: Modalità Costruzione Mappa e Modalità Guida. La prima consiste nel creare una mappa per una nuova metropoli, e nella seconda, il giocatore guida automobili, piccole imbarcazioni e — naturalmente — treni. Ci sono oltre 200 modelli, tra cui il treno ad alta velocità Shinkansen. A-Train Express presenta video tutorial per chi ha meno esperienza.