The Raven (protagonista) riceve una richiesta insolita. Il messaggio criptico dice al giocatore di infiltrarsi in un misterioso complesso sotterraneo chiamato Amber Crown, con la promessa di una ricompensa monetaria estremamente lucrativa. Una volta all'interno di Amber Crown, il giocatore incontra Sumika Juutilainen, un'evasa dall'enigmatica Doomsday Organization (Wednesday Organization in Japan), il gruppo d'ombra che opera nel complesso. Sumika diventa la cliente principale e partner del giocatore durante la missione in Amber Crown. Man mano che il giocatore completa ulteriori missioni, sviluppa una rivalità con un pilota di Armored Core chiamato Stinger, alle dipendenze della Doomsday Organization. Stinger diventa una presenza sempre più pericolosa man mano che il mistero in Amber Crown viene svelato, culminando nella rivelazione di Project Phantasma. Un progetto di sviluppo top secret della Doomsday Organization, Project Phantasma è un sistema d'arma che potrebbe capovolgere l'equilibrio del potere. Sumika e Stinger erano soggetti di test per il progetto. Stinger, desiderando la forza dell'arma Phantasma, tenta di usarla contro il giocatore. Il continuo successo del giocatore spinge Stinger a fondersi con Phantasma e a sfidare il giocatore in uno scontro finale. Il giocatore sconfigge Stinger e distrugge il progetto Phantasma, portando allo scioglimento della Doomsday Organization.