Atelier Sophie 2: L'Alchimista del Sogno Misterioso prosegue la storia delle numerose avventure di Sophie e Plachta. Dopo aver lasciato la città natale di Sophie, Kirchen Bell, la coppia scopre un enorme albero identico a quello che Plachta aveva visto in un sogno, e, avvicinandosi, un vortice misterioso li trascina all'interno. Sophie si risveglia da sola in un curioso nuovo mondo chiamato Erde Wiege, e non passa molto prima che venga a sapere di un'alchimista di nome Plachta che vive ai margini della città. Con sorpresa, quando Sophie arriva all'atelier, incontra una giovane appassionata di alchimia di nome Plachta, e anche se l'alchimista porta lo stesso nome della sua amica, non riconosce Sophie. Quali altre sorprese attendono Sophie in questo viaggio? Mentre l'avventura prosegue, Sophie incontra l'aspirante alchimista Ramizel Erlenmeyer, che accetta volentieri di aiutarla nel momento del bisogno. La narrazione si sviluppa elegantemente con un affascinante nuovo stile visivo che combina l'arte della sottoserie Misteriosa con la grafica e le animazioni di alta qualità presenti in Atelier Ryza 2: Lost Legends and the Secret Fairy del 2021.