L'umanità è sotto attacco da una forma di vita aliena che segretamente cerca di minare la democrazia degli Stati Uniti, rovesciare il suo governo e raccogliere il DNA dei suoi cittadini. E quell'alieno... sei tu. Nel 1959, Cryptosporidium-137 è arrivato sulla Terra in cerca del suo clone predecessore, Cryptosporidium-136. Crypto-136 è scomparso dopo che Orthopox-13 lo ha inviato sulla Terra per prepararsi all'estrazione su larga scala del DNA umano. Pox invia Crypto in una missione per raccogliere i tronchi cerebrali umani (che contengono DNA alieno a causa di un incontro tra guerrieri Furon e umani nei tempi antichi) per impedire che i Furons si estinguano. I genitali Furoni si sono atrofizzati generazioni fa a causa dell'esposizione prolungata al loro armamento nucleare. Per portare a termine la sua missione, deve combattere le forze statunitensi, infiltrarsi e sabotare strutture governative segrete e sconfiggere Majestic, un'oscura organizzazione governativa guidata da una figura vestita di nero di nome Silhouette. L'invasione è in corso!