La storia del gioco ruota attorno a due potenziali protagonisti: studenti giapponesi del terzo anno della scuola superiore, Takuto e Shiki. Takuto una volta era un appassionato fan di Digimon in gioventù, arrivando addirittura a diventare secondo classificato in un torneo nazionale, ma da allora è diventato più preoccupato della vita da adolescente e di cosa sarà del suo futuro. Lui e Shiki sono trasportati nel Mondo Digitale, dove incontrano i loro partner Digimon, tra cui Agumon, Gabumon, Biyomon e Palmon. Si uniscono al loro viaggio i compagni di classe Kouta Hirose, il cui partner è Guilmon, che ha soprannominato "Yukimura", e Himari Oofuchi, partner di un Salamon che ha soprannominato "Rikka".