Un terremoto apre una cavità precedentemente nascosta nella Altar Cave, vicino al villaggio di Ur, sul continente galleggiante. Quattro giovani orfani, affidati a Topapa, l'anziano del villaggio, esplorano gli effetti del terremoto e scoprono un cristallo di luce. Il cristallo concede loro una parte del suo potere, e li istruisce ad andare avanti per ripristinare l'equilibrio del mondo. Non sapendo cosa pensare dei pronunciamenti del cristallo, ma riconoscendo comunque l'importanza delle sue parole, i quattro informano la loro famiglia adottiva della loro missione e partono per esplorare un mondo al di fuori dell'area in cui sono cresciuti, al fine di riportare l'equilibrio nel mondo. Le loro avventure li portano a scoprire che esiste un intero mondo oltre i confini del continente galleggiante su cui vivevano. Nel mondo sottostante, scoprono che uno stregone di nome Xande, uno dei tre apprendisti del leggendario Archmage Noah, sta tentando di impossessarsi dei cristalli di luce, al fine di provocare caos e disordine. I quattro guerrieri giungono infine alla Crystal Tower, dove scoprono che la Cloud of Darkness è la fonte degli eventi recenti. La Cloud tenta di creare una situazione simile al Flood of Light avvenuto circa un millennio fa, in modo che il mondo venga trascinato nel vuoto. I Light Warriors attraversano il dominio dei cristalli oscuri per liberare i Guerrieri Oscuri imprigionati e sconfiggere la Cloud of Darkness, ripristinando così i cristalli e l'equilibrio del mondo. Nel remake per DS, ci sono diverse “missioni secondarie” che possono essere completate.