Final Fantasy V inizia in un giorno in cui le correnti di vento del mondo iniziano a rallentare e a indebolirsi. Profondamente turbato da questo avvenimento, il re di Tycoon si prepara a recarsi al Wind Shrine, a dorso del suo drago, placando le preoccupazioni di sua figlia, la principessa Lenna. All'arrivo al Wind Shrine, il re assiste allo spezzarsi del Wind Crystal davanti ai suoi occhi. Intanto, un giovane viaggiatore di nome Bartz, riposando nei boschi vicino a Tycoon, assiste al piombare di un meteorite sulla superficie del pianeta, proprio ai margini del castello. Bartz indaga prontamente, scoprendo Lenna priva di sensi dall'attacco. Dopo averla salvata, scoprono tra i detriti un uomo anziano con amnesia parziale di nome Galuf. Lenna spiega che stava andando al Wind Shrine dopo suo padre. Galuf improvvisamente ricorda che anche lui aveva come destinazione originale lo stesso luogo, decidendo di accompagnarla. Anche se il trio si separa, Bartz presto incontra nuovamente Lenna e Galuf, che sono assaliti da mostri in una valle tremante. I tre viaggiano insieme, scoprendo che tutte le vie terrestri sono sbarrate dai rivolgimenti causati dalla caduta del meteorite. Esplorando una caverna, incontrano una tana di pirati e il loro capo, Faris. Con l'aiuto del capitano dei pirati, il gruppo si dirige al Wind Shrine per scoprire il Wind Crystal frantumato, ma senza alcuna traccia del re scomparso. Tuttavia, i frammenti reagiscono alla loro presenza, e appare l'immagine di Tycoon, che spiega loro che devono proteggere quei cristalli che ancora rimangono.