Nel 1954, Godzilla attaccò il Giappone. Dal suo attacco, l'umanità scoprì e sfruttò G-Energy, una fonte di energia ricavata da Godzilla. Sessanta anni dopo, Godzilla riappare per nutrirsi della G-Energy. Godzilla avanza per il Giappone, combattendo Kaiju che sembrano essere attratti da lui e distruggendo i G-Generators. L'umanità raccoglie informazioni su Godzilla, e si scopre che fin dal primo attacco di Godzilla, G-Force ha costruito un robot simile a Godzilla. Una volta raccolti tutti i dati su Godzilla, il robot viene schierato. Questo può essere Super Mechagodzilla o Kiryu a seconda della difficoltà del giocatore. Godzilla sfigge il robot, e distrugge gli ultimi due G-Generators. Godzilla sembra poi tornare verso il mare. Tuttavia, l'energia che assorbe lo porta a raggiungere la massa critica e a diventare Burning Godzilla. Si ipotizza che esploderà e distruggerà il mondo. L'Operatore della G-Force suggerisce di congelarlo, e vengono inviati serbatoi di congelamento. Il Super X3 arriva, ma è danneggiato. Poco dopo, sembra apparire un altro Godzilla, ma viene anch'esso sconfitto. Il Gotengo e il Super X3 riescono a congelare Godzilla, e Kiryu lo porta al largo. Entrambi affondano nell'oceano, e l'umanità inizia a ricostruire.