Nella Modalità RPG, Granblue Fantasy: Versus presenta una storia autonoma in cui i giocatori intraprendono un viaggio visitando le località presenti nel picchiaduro. Il giocatore prende il controllo di Gran e della sua compagnia per combattere altri personaggi noti all'interno dell'universo di Granblue Fantasy, visitando diverse isole e svelando la misteriosa forza che circonda la violenza e il caos che ne deriva attraverso missioni. Insieme all'incontro con il cast principale di personaggi, il giocatore viene anche introdotto ai loro retroscena e alle relazioni esistenti con altri personaggi. In un mondo in cui gli avventurieri solcano i cieli a bordo di navi aeree, e le isole galleggianti dei Skydoms guidano la strada, la Grandcypher—una nave aerea di proporzioni imponenti—partirà per un magnifico viaggio, viaggiando tra le isole e raccogliendo lungo il cammino un vero esercito di mercenari, cavalieri e maghi. Tuttavia, questi eroi del cielo presto intraprenderanno un'avventura tutta nuova, dove la battaglia e la gloria li attendono!