Nella Modalità RPG, Granblue Fantasy: Versus presenta una trama autonoma in cui i giocatori intraprendono un viaggio visitando le località presenti all'interno del gioco di combattimento. Il giocatore prende il controllo di Gran e della sua compagnia per combattere altri personaggi noti all'interno dell'universo Granblue Fantasy, visitando varie isole e svelando la misteriosa forza che circonda la violenza e il caos che ne deriva attraverso le missioni. Insieme all'incontro con il cast principale di personaggi, al giocatore vengono introdotti anche i loro retroscena e i rapporti esistenti con gli altri personaggi. In un mondo in cui gli avventurieri solcano i cieli a bordo di dirigibili, e le isole fluttanti dei Skydoms guidano loro cammino, la Grandcypher—un dirigibile di proporzioni enormi—partirà per un magnifico viaggio, percorrendo le isole e arruolando una vera armata di mercenari, cavalieri e maghi lungo la strada… Tuttavia, questi eroi del cielo presto si lanceranno in una nuovissima avventura, dove la battaglia e la gloria li attendono!