Il gioco si apre con Kat, amnesica, che si risveglia a Hekseville, una città fluttuante intorno a una struttura chiamata World Pillar. Kat è accompagnata da un misterioso gatto di nome Dusty; nel salvare un ragazzo dall'essere trascinato via da una tempesta gravitazionale, scopre che Dusty ha la capacità di manipolare il modo in cui la gravità la influenza, permettendole di aiutare le persone a combattere i mostri generati dalle tempeste chiamate Nevi. Dopo aver salvato Syd, un ufficiale di polizia che diventa suo amico, scopre che coloro che hanno i suoi poteri sono soprannominati "Shifters" dalla gente di Hekseville. Man mano che inizia ad aiutare gli abitanti della città, viene affrontata da un'altra Shifter, Raven, che la vede come una nemica. Kat entra nelle operazioni per catturare Alias, un criminale legato ai Nevi — alla fine lo sconfigge, trascinandolo in un trituratore di rifiuti dove viene ucciso. Insieme a ciò, Kat aiuta a ripristinare sezioni di Hekseville inghiottite da spaccature spaziali con l'aiuto di Gade, un uomo che sostiene di essere un "Creator". Kat ristabilisce completamente Hekseville nonostante ulteriori interferenze da parte di Raven, che apparentemente muore durante un combattimento con Kat. Le sue imprese le valgono il soprannome "Gravity Queen". Dopo la sconfitta di Alias e il ritorno dell'ultima parte mancante di Hekseville, a Kat viene offerta una posizione nell'esercito della città se seguiremo gli ordini del suo comandante, Yuri Gerneaux, ma rifiuta. Kat incontra poi una donna che ha fatto cadere oltre il bordo di Hekseville l'ultima lettera che aveva ricevuto dal suo fidanzato defunto. Per trovarla, lei viaggia all'interno del World Pillar, una gigantesca colonna che sostiene Hekseville e che si estende dal cielo fino sotto le nuvole. Mentre scende, i suoi poteri Shifter svaniscono, e viene affrontata da Raven, ma i due vengono attaccati da Nushi, un gigantesco Nevi. Kat si risveglia scoprendo di essere catturata a Boutoume, una città posta sotto il Pillar, dove un gruppo di bambini vive sotto la protezione del loro leader Zaza. Kat e Raven aiutano a proteggere i bambini da Nushi, ma scoprono che il mare oscuro sotto Boutoume sta lentamente salendo. Uno dei bambini, Cyanea, in seguito affronta Kat — in trance, mentre è posseduta da un essere chiamato Dream Guardian, rivela di essere il Creator del mondo attraverso i suoi sogni, e manda Kat in un sogno in cui apprende che proviene da una parte più alta del World Pillar dove ricopriva una posizione di potere e soffrì a causa di un grande peso. Avendo recuperato parte del suo potere dimenticato, Kat attiva una nave chiamata Ark, che può trasportare tutti indietro a Hekseville. Mentre l'Ark parte, dopo che Kat ha respinto Nushi, scopre che Raven era originariamente uno dei bambini intrappolati a Boutoume, e che le era stato detto dall'anziano consigliere della città, D'nelica, di non recuperarli. Durante la salita, Kat crolla per l'esaurimento ed è separata dall'Ark. Risalendo il World Pillar, finisce per ricevere la lettera per cui era stata mandata, dallo spirito del suo fidanzato. Tornando a Hekseville, scopre che è passato un intero anno a causa delle distorsioni temporali sperimentate nelle parti inferiori del World Pillar — sotto costanti attacchi dei Nevi, Hekseville è stata posta sotto legge marziale e D'nelica è diventato il sindaco. Kat è costretta a combattere Nushi una volta ancora, prima che venga distrutto da un'operativa militare potenziata chiamata Yunica. Syd è diventato parte dell'esercito dopo l'assorbimento delle forze di polizia civili. Offerta una seconda possibilità di unirsi agli sforzi militari contro i Nevi, Kat rifiuta di nuovo. Le viene poi chiesto da uno scienziato di aiutarla a raccogliere dati sui Nevi, ma è uno stratagemma per scoprire di più sui suoi poteri Shifter. Dopo aver sofferto un incubo su Alias, Kat si risveglia scoprendo che Cyanea è riapparsa, anche se Raven e il resto dei bambini sono ancora scomparsi. Partecipando a un comizio con Gabe e Syd dove D'nelica presenta l'arma che distrugge i Nevi, Sea Anemone, Kat risponde a un attacco di Nevi ed è catturata da Yunica insieme a Dusty. Mentre Syd tenta di salvarla, Sea Anemone — costruita con un nucleo di Nevi come parte del piano di D'nelica per controllare sia Hekseville che i Nevi — impazzisce e inizia ad attaccare la città. Il sé Dream Guardian di Cyanea decide di intervenire e libera Dusty, che a sua volta libera Kat. Kat riesce a danneggiare Sea Anemone, prima con l'aiuto di Yunica, che usa le sue armi meccaniche per danneggiare l'armatura; poi da Cyanea e Gabe mentre combinano i loro poteri con quelli di Kat per evocare l'Ark come missile. D'nelica attiva la funzione di autodistruzione di Sea Anemone, senza badare ai danni collaterali, ma Kat, Raven e Yunica riescono a fermarla prima che accada, e la scagliano contro Neu Hiraleon, dove esplode. La gente acclama Kat come la loro salvatrice, chiedendo nel contempo le dimissioni del ferito D'nelica per la sua parte nel fiasco. I bambini all'interno dell'Ark rimangono in stasi, con Cyanea che dice che si sveglieranno per aiutare a riportare la luce nel mondo; D'nelica scopre l'identità originale di Kat attraverso un cristallo rosso in suo possesso; e Gerneaux ricorda una profezia su un presagio di catastrofe che cade dal mondo sopra di noi, riferendosi all'apparizione di Kat.