Nel prossimo futuro, in una nazione sconosciuta... L'umanità è entrata in una nuova era in cui la maggioranza è ora 'Adepts' — persone che possiedono poteri soprannaturali noti come 'Septimas'. Gli esseri umani che non possiedono Septimas, noti come 'Minos', vengono braccati ed eseguiti dall'Istituto per la Promozione dell'Evoluzione Umana 'Sumeragi'. Tra questi Minos, la cui vita quotidiana si è trasformata in un incubo vivente, correva una leggenda metropolitana di cui si parlava solo a voce bassa: racconti del 'Luminous Avenger iX'. Era una voce su un guerriero, vestito con un'armatura candida, accompagnato dalla Muse of Hope, Lola, che lottava per il bene di tutti i Minos — Questa storia inizia quando il Luminous Avenger iX, o 'Copen', incontra una ragazza solitaria.