Il gioco inizia con Jak e Daxter banditi nel Wasteland dal tirannico Conte Veger per presunti crimini contro Haven City. Ashelin, che si oppone all’esilio, consegna a Jak un faro prima di partire e gli dice di "restare in vita". Mentre viaggiano attraverso il deserto, i flashback rivelano che Haven City è in guerra tra la Freedom League e i Metal Heads sopravvissuti e i loro alleati, i KG Death Bots. Il Palazzo viene poi distrutto da una forza sconosciuta. Mentre Jak, Daxter e Pecker perdono conoscenza, vengono salvati da un gruppo di abitanti del deserto, che li riportano a Spargus City.
Svegliatisi a Spargus, il Re Damas dice che Jak deve guadagnarsi il posto all'interno della civiltà dimostrandosi guerriero sia nelle sfide dell'Arena sia nel servire la città, a cui la sua "vita ora appartiene" per essere stato salvato. Le sue missioni consistono nel recuperare artefatti dopo tempeste di sabbia, gareggiare sia per buggy sia per le lucertole Leaper per gli upgrade, cristalli Eco e buggy, catturare ratti Kanga su una lucertola Leaper, e vari altri lavori nella città oasi. Tra tutti gli eventi, il più importante è che Jak riceve le abilità dell'Eco Luce per bilanciare l'oscurità dentro di lui, conferitegli nel Tempio Precursore da un oracolo che crede che Jak sia l'ultima speranza per la civiltà. Questi poteri includono capacità di rallentare il tempo, poteri di guarigione, scudi e persino il volo. Per strada, Jak fa amicizia con il Monaco Precursore, Seem, e un proprietario di un'officina di buggy, Kliever — che inizialmente non gli è simpatico finché non guadagna la loro fiducia col tempo. Durante una delle missioni di Damas nel deserto, Jak viene trovato da Ashelin, la quale rivela di aver saputo che Damas lo avrebbe trovato poiché sapeva che avrebbe controllato i suoi vecchi fari di segnalazione. Lei si rifiuta di dirgli come lo sa di Damas e poi implora Jak di tornare a Haven City per difenderla dai Metal Heads e dai nuovi Deathbots della Krimzon Guard. Ancora amareggiato per l’esilio, lui rifiuta di tornare. Ashelin lo lascia, ma in seguito, dopo aver scoperto cosa ha in serbo il malvagio Conte Veger per i suoi amici, Jak cambia idea e intraprende il viaggio con un trasporto verso Haven City. Jak e Daxter aiutano a riunire la resistenza a Haven, divisa a causa delle barriere poste dagli nemici, e danno loro la speranza di poter respingere i Metal Heads e i Deathbots.
