Come Jak and Daxter: The Precursor Legacy, il gioco inizia con un discorso di Samos Hagai. Jak, Daxter, Samos e Keira stanno attivando il Rift Rider, il dispositivo Precursore nascosto dietro la grande porta alla fine di Precursor Legacy, e il suo portale del Rift. Quando il portale si attiva, esce una figura imponente, accompagnata da un'orda di creature. Jak entra in panico e attiva il Rift Rider, proiettando il gruppo oltre il portale. Mentre attraversano la frattura, il Rift Rider viene distrutto. Il gruppo cade fuori dalla frattura e si separa, sebbene tutti finiscano a Haven City. Jak e Daxter atterrano e vengono immediatamente identificati da una pattuglia della Krimzon Guard, guidata dal capitano Erol. Jak viene preso in custodia, mentre Daxter promette di salvarlo (vedi gli eventi di Daxter). Due anni dopo, Jak è nella Fortress, dove è stato oggetto di un programma di super-soldati. Il suo corpo è stato infuso con eco oscuro. Erol e il Baron Praxis sono lì. Essi dichiarano il 'Dark Warrior Program' un fallimento. Partono, proprio mentre Daxter appare per salvare Jak. Mentre Daxter si agita con i vincoli, Jak si trasforma nell'obiettivo finale del Dark Warrior Program, Dark Jak. Lui rompe i legami e poi torna normale, dopo aver pronunciato le sue prime parole, "Ucciderò Praxis!" I due poi fuggono dalla Fortress verso Haven City.