Killzone: Shadow Fall è ambientato 30 anni dopo gli eventi di Killzone 3. La vita sul pianeta natale degli Helghast, Helghan, è stata lasciata in rovina, tuttavia la guerra continua. L'Alleanza Strategica Interplanetaria (ISA) permette ai rifugiati Helghast di reinsediarsi sul pianeta Vekta. Le fazioni Vektani e Helghast vivono in una città divisa da una grande barriera di sicurezza. Gli Helghast lottano per il loro diritto di esistere, mentre i Vektani lottano per la sopravvivenza, portando a una Guerra Fredda tra Vekta e Helghan. La storia è raccontata dal punto di vista di Lucas Kellan, un agente della divisione d'élite delle forze speciali dell'ISA nota come i Shadow Marshals.