Dopo aver portato a termine la sua ricerca vietata sul Double Gear System, il malvagio Dr. Wily ha trasformato robot un tempo pacifici nei suoi scagnozzi distruttivi! Tuttavia, la storia del Double Gear System è più di quanto sembri. Originariamente progettato per spingere i robot oltre i loro limiti, il dispositivo di Wily fu ritenuto troppo pericoloso e la sua ricerca fu interrotta. Richiamando l'incidente anni dopo, Wily completò il suo dispositivo e ora cerca vendetta. Con soltanto il prototipo Double Gear di Dr. Light, Mega Man ha la forza di cui ha bisogno per porre fine alla loro faida?