The Legend of Nayuta: Boundless Trails è ambientato in due mondi: il mondo natale dei protagonisti e un misterioso mondo chiamato Lost Heaven. La loro città natale è Remnant Island, situata al centro del Ciencia Sea, un vasto oceano con innumerevoli isole. Stelle cadenti sono cadute costantemente dal cielo da qualche tempo, lasciando gran parte di esse accumulate sull'isola. Pietre note come "Frammenti Stellari" sono state scoperte in queste aree. Illuminandole in un certo modo, le persone possono vedere il mondo fantasma di Lost Heaven. La storia segue Nayuta Herschel, un giovane ricercatore in erba che mira a vedere cosa c'è oltre il mondo conosciuto, che stava per tornare a Remnant Island per l'estate, quando lui e la sua amica d'infanzia Cygna Alhazen si ritrovano nel mondo di Lost Heaven grazie alla guida della fata ultraterrena Noi, mentre si ritrovano coinvolti in un complotto per fermare un pazzo e il suo braccio destro dal distruggere Lost Heaven e potenzialmente anche il mondo di Nayuta nel processo.