Gli eventi di S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat si svolgono poco dopo la fine di S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl. Dopo aver scoperto l'apertura di un varco verso il centro della Zone, il governo decide di organizzare una grande operazione militare "Fairway" volta a prendere il CNPP sotto controllo. Secondo il piano dell'operazione, la prima unità militare dovrà condurre un riconoscimento aereo del territorio per mappare le posizioni dettagliate dei campi anomali. Successivamente, utilizzando le mappe, le forze militari principali dovranno essere inviate. Nonostante meticolose preparazioni, l'operazione fallisce. La maggior parte degli elicotteri all'avanguardia si schiantano. Per raccogliere informazioni sulle ragioni del fallimento dell'operazione, il Servizio di Sicurezza dell'Ucraina invia nel centro della Zone il proprio agente. D'ora in poi, tutto dipende da te.