La storia di Shadow of the Colossus inizia quando Wander entra nella terra proibita, viaggiando a cavallo su un lungo ponte. Sconosciuto al giocatore, prima di entrare Wander aveva rubato una spada antica, l'unica arma in grado di uccidere i colossi. Guidato al Shrine of Worship, situato al centro della regione, Wander porta con sé il corpo di una fanciulla di nome Mono. Un momento dopo, appaiono diverse creature ombra umanoidi e si avvicinano a Wander, che le allontana facilmente con un gesto della spada antica in suo possesso. Dopo aver sconfitto le creature ombra, la voce dell'entità disincarnata conosciuta come 'Dormin' riecheggia dall'alto, esprimendo sorpresa per il fatto che Wander possegga l'arma. Wander chiede che Dormin riporti l'anima di Mono al suo corpo, cosa che Dormin afferma possa essere possibile a condizione che Wander possa distruggere i sedici idoli che costeggiano la sala del tempio, ciascuno dei quali rappresenta uno dei colossi sparsi per la terra, usando la spada antica per uccidere ciascun colosso. Nonostante l'avvertimento di Dormin che potrebbe dover pagare un prezzo molto alto per riportare Mono in vita, Wander parte alla ricerca dei colossi per distruggerli.