La storia di Shadow of the Colossus inizia quando Wander entra nella terra proibita, attraversando un lungo ponte a cavallo, Agro. All'insaputa del giocatore, prima di entrare, Wander aveva rubato una spada antica, che è l'unica arma capace di uccidere i colossi. Guidato al maestoso Santuario di Adorazione al centro della regione, Wander porta con sé il corpo di una fanciulla di nome Mono. Un attimo dopo, appaiono diverse creature ombra umanoidi e si avvicinano a Wander, prima che egli le scacci facilmente con un gesto della spada antica in suo possesso. Dopo aver sconfitto le creature ombra, la voce dell'entità disincarnata nota come Dormin echeggia dall'alto, esprimendo sorpresa per il fatto che Wander possiede l'arma. Wander chiede che Dormin riporti in vita Mono al suo corpo, cosa che Dormin afferma possibile solo a condizione che Wander possa distruggere i sedici idoli che costeggiano la sala del tempio, usando la spada antica per uccidere ciascun colosso che gli idoli rappresentano, situati in tutto il territorio. Nonostante l'avvertimento di Dormin che potrebbe dover pagare un prezzo molto alto per riportare Mono in vita, Wander parte alla ricerca dei colossi e li distrugge.